分離與回收的CO2必須運送到壓入存儲地。CO2的運送方法有油罐汽車、輸送管道和油船等。采用油罐汽車運送比較普遍，在北美等地主要是采用輸送管道進行輸送，它可把水和CO2等輸送并壓入到地下油層，用于增加原油的開采量，此技術被稱為“CO2-EOR（提高石油采收率）”。以前，隨著天然氣的生產(chǎn)，將產(chǎn)生的天然CO2用于EOR，但近年來在北美實現(xiàn)了把發(fā)電廠回收的CO2用于EOR。由于日本有關敷設管線輸送CO2的法規(guī)的修訂等工作尚未完善，因此在日本敷設管線輸送CO2還存在許多課題。采用油輪進行海上運送已取得一些經(jīng)驗，日本環(huán)保部正在研究油輪運送的成本等事宜。
CCS技術（CO2回收和存儲技術）的最后工序是CO2的壓入與存儲。存儲地可以是地底下存儲，也可以是海洋隔離等。適合地下存儲的地層有，油田和天然氣田（枯竭的油田和天然氣田，或適合EOR（提高石油采收率）和EGR（提高天然氣采收率）的油田和天然氣田）、煤層和地下深處鹽水層等。油田和天然氣田原本長期以來就是儲藏原油的天然氣的地方。EOR已在壓入CO2后取得了提高采收率的效果。壓入煤層的方法就是讓煤吸收CO2，使煤層穩(wěn)定的方法。
日本幾乎不出產(chǎn)化石燃料，作為適合儲藏CO2的地方是地下深處鹽水層。地下深處鹽水層是含有鹽水的地層，被粘土層等不透水層所覆蓋，可以用于CO2的壓入和存儲。
另外，有研究指出，北美等正在進行頁巖氣的開采，把水等壓入地下是導致地震的原因，因此擔心把CO2壓入地下也會導致地震。但是，它與采用高壓水來破壞頁巖層的頁巖氣開采不同，日本在苫小牧市的試驗表明，制定周密的計劃，并在操作中嚴格監(jiān)控，萬一出現(xiàn)異常馬上停止，不會破壞地層。因為制定了萬全的監(jiān)視體制，所以一般認為安全性很高。
壓入并存儲于地底下的CO2在地層中發(fā)生某種程度的擴散后，會溶解于地層水中，經(jīng)過千年時間會變成碳酸鹽礦物等。